系：
- 生物學(xué)系
- 生物化學(xué)系
- 細胞生物學(xué)系
- 遺傳與發(fā)育生物學(xué)系
- 免疫與微生物學(xué)系
國家重點實驗室：
國家工程中心：
國家級教學(xué)示范中心：
教育部重點實驗室：
教育部批準設(shè)立的研究機構(gòu)：
國家地方聯(lián)合工程實驗室：
- 天然產(chǎn)物源靶向藥物國家地方聯(lián)合工程實驗室
福建省批準設(shè)立的研究機構(gòu)：
- 福建省醫(yī)學(xué)分子病毒研究中心
- 福建省藥物工程實驗室
廈門市批準設(shè)立的研究機構(gòu)：
- 廈門市醫(yī)學(xué)分子病毒研究中心
- 廈門市海洋微生物新藥工程技術(shù)研究中心
- 廈門市植物遺傳重點實驗室
校批機構(gòu)：
系：
- 預(yù)防醫(yī)學(xué)系
- 實驗醫(yī)學(xué)系
國家重點實驗室：
國家工程技術(shù)研究中心：
教育部批準設(shè)立的研究機構(gòu)：
- 醫(yī)用生物制品省部共建協(xié)同創(chuàng)新中心
國家藥監(jiān)局批準設(shè)立的研究機構(gòu)：
- 國家藥監(jiān)局傳染性疾病檢測技術(shù)研究與評價重點實驗室
中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院批準設(shè)立的研究機構(gòu)：
- 結(jié)構(gòu)疫苗學(xué)前沿技術(shù)創(chuàng)新單元
福建省批準設(shè)立的研究機構(gòu)：
廈門市批準設(shè)立的研究機構(gòu)：
- 廈門市生物藥物工程技術(shù)研究中心
- 廈門市分子影像工程技術(shù)研究中心
- 廈門市醫(yī)學(xué)分子病毒研究中心
系：
教育部批準設(shè)立的研究機構(gòu)：
- 教育部“核受體腫瘤分子靶點與藥物開發(fā)”創(chuàng)新團隊
福建省批準設(shè)立的研究機構(gòu)：
- 福建省藥物新靶點研究重點實驗室
- 福建省靶點新藥行業(yè)技術(shù)開發(fā)基地
- 福建省核受體藥物工程研究中心
- 福建省藥學(xué)人才培養(yǎng)創(chuàng)新實驗區(qū)
- 福建省藥學(xué)實驗教學(xué)示范中心
- 福建省藥學(xué)虛擬仿真實驗教學(xué)中心
- 福建省高等學(xué)?！鞍┌Y表觀遺傳學(xué)”科技創(chuàng)新團隊
廈門市批準設(shè)立的研究機構(gòu)：
- 海洋活性物質(zhì)功能
- 質(zhì)量和安全性評價技術(shù)平臺
- 廈門化學(xué)創(chuàng)新藥研發(fā)平臺
- 廈門市代謝性疾病重點實驗室
- 廈門市手性藥物重點實驗室
- 廈門市瘤細胞與分子診療重點實驗室
- 廈門生物醫(yī)藥協(xié)同創(chuàng)新中心
- 廈門市靶點新藥工程技術(shù)研究中心
- 廈門市林下中藥資源工程技術(shù)研究中心
- 廈門化學(xué)創(chuàng)新藥研發(fā)重大平臺（技術(shù)支撐單位）
部、系：
- 基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)部
- 中醫(yī)系
- 護理系
- 眼視光學(xué)系
- 口腔醫(yī)學(xué)系
- 消化病學(xué)系
- 耳鼻咽喉頭頸外科學(xué)系
- 神經(jīng)科學(xué)系
- 血液病學(xué)系
- 皮膚病與性病學(xué)系
- 婦產(chǎn)科學(xué)系
- 兒科學(xué)系
國家級平臺：
省部級平臺：
- 福建省基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)實驗教學(xué)示范中心
- 中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院細胞應(yīng)激研究創(chuàng)新單元
- 福建省抗癌研究中心
- 福建省眼再生醫(yī)學(xué)工程研究中心
- 福建省眼表與角膜病重點實驗室
- 福建省生殖調(diào)控與生殖健康研究高校重點實驗室
- 福建省適配體技術(shù)重點實驗室
- 福建省移植生物學(xué)重點實驗室
- 福建省糖尿病轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)重點實驗室
- 福建省器官與組織再生重點實驗室
- 福建省慢性肝病肝癌重點實驗室
- 福建省眼科與視覺科學(xué)重點實驗室
- 福建省神經(jīng)退行性疾病和衰老研究重點實驗室
- 福建省臨床醫(yī)學(xué)研究中心（神經(jīng)系統(tǒng)疾病、心血管系統(tǒng)疾?。?/li>
市級平臺：
- 廈門市腫瘤侵襲轉(zhuǎn)移轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)重點實驗室
- 廈門市再生醫(yī)學(xué)重點實驗室
- 廈門市中醫(yī)濕病神經(jīng)免疫重點實驗室
- 廈門市手性藥物研究重點實驗室
- 廈門市腫瘤分子診斷與靶向治療重大科技平臺
- 廈門市消化系統(tǒng)腫瘤轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)重點實驗室
- 廈門市臨床檢驗重點實驗室
- 廈門市腸道微生態(tài)與健康重點實驗室
- 廈門市核醫(yī)學(xué)分子影像臨床轉(zhuǎn)化重點實驗室
- 廈門市胃腸腫瘤重點實驗室
- 廈門市骨關(guān)節(jié)病研究重點實驗室
- 廈門市血源性傳染病基礎(chǔ)研究與轉(zhuǎn)化重點實驗室
- 廈門市嗓音醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)及應(yīng)用重點實驗室
- 廈門市心血管疾病重點實驗室
- 廈門市心血管疾病精準醫(yī)學(xué)重點實驗室
- 廈門市風濕免疫重點實驗室
- 廈門市腫瘤早期診療重點實驗室
- 廈門市心臟電生理重點實驗室
- 廈門市胸部疾病重點實驗室
- 廈門市腦科中心重點實驗室
- 廈門市泌尿系腫瘤和結(jié)石重點實驗室
- 廈門市耳鼻咽喉頭頸外科重點實驗室
- 廈門市兒科重點實驗室
- 廈門市放射腫瘤學(xué)重點實驗室
- 廈門市血液腫瘤診治重點實驗室
- 廈門市基因檢測重點實驗室
- 廈門市婦科疾病研究與診療重點實驗室
- 廈門市膽道疾病重點實驗室
校批機構(gòu)：
附屬醫(yī)院：
生物醫(yī)學(xué)研究院
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